Ucunda ışıklı kamera sistemi bulunan özel bir cihazla yemek borusu, mide ve onikiparmak bağırsağının incelenmesi işlemi endoskopi olarak adlandırılmaktadır. Endoskopi işlemi sedoanaljezi ile hasta hafif uyutularak veya boğazına lokal anestezik sprey sıkılarak uygulanabilmektedir. Endoskopi işlemi öncesinde hastalar 8 saat süreyle aç olmalıdır. Endoskopi öncesinde başka bir hazırlık yapılmasına gerek yoktur. Endoskopi işlemi yaklaşık 15 dakika sürmektedir ve hasta işlem sırasında ağrı, acı hissetmemektedir. Yemek borusu, mide ve onikiparmak bağırsağında gelişen reflü, gastrit, ülser, kanama, yemek borusu, mide ve duodenum kanserleri gibi hastalıkların tanısında kullanılabilmektedir.
Endoskopi ile ülsere bağlı kanamaların durdurulması, poliplerin çıkartılması ve darlıkların genişletilmesi gibi işlemlerde gerçekleştirilebilmektedir. Endoskopi oldukça güvenilir bir işlemdir ve uygulamanın ardından hafif bir sersemlik hissi, hafif boğaz ağrısı dışında herhangi bir belirti görülmemektedir. Endoskopi uygulamasının ardından hastalar aynı gün araç kullanmamalı ve alkol almamalıdır.
Uzunda özel ışıklı kamera sistemi bulunan, kıvrılabilir, esnek özel bir cihazla anüsten girilerek tüm kalın bağırsağın ve ince bağırsağın son kısmının incelenmesi işlemi kolonoskopi olarak adlandırılmaktadır. Kolonoskopi 50 yaş üzerinden erkek ve kadınların kalın bağırsak kanseri riski yönünden taranması ve risklerin erkenden saptanması amacıyla uygulanmaktadır. Açıklanamayan demir eksikliği sebebini saptamak, ani ve nedensiz kilo kaybının nedenlerini belirlemek gibi sebeplerle de uygulanabilmektedir. Uzun süreli kabızlık ve ishal, Crohn hastalığı ve ülseratif kolit gibi kronik hastalıkların takibinde de kolonoskopi uygulanabilmektedir. Kolonoskopi işlemi ortalama olarak 15-20 dakika sürmektedir ve sedoanaljezik ilaçlarla hastalar hafif uyutularak uygulanmaktadır. Kolonoskopi esnasında hasta herhangi bir ağrı veya acı hissetmez. Kolonoskopi esnasında gerekli görülmesi halinde biyopsi uygulanabilir ve polipler çıkartılabilir.
Dünya Sağlık Örgütü (WHO), 45 yaşını geçmiş kişilere şikâyet olsun veya olmasın endoskopi uygulanmasını önerilmektedir.